Estuariji naših krških rijeka zbog svog oblika i zbog toga što se nalaze u područjima malih morskih mijena imaju posebna oceanografska svojstva: stalnu stratificiranost vodenoga stupca zbog nagloga povećanja slanosti po dubini, potpovršinski temperaturni maksimum i vrlo dugo zadržavanje morske vode u estuariju. Tu su zato razvijene drugačije životne zajednice nego u okolnom moru. Živi svijet katkad je toliko bogat, a izmjena vode toliko spora da na nekim mjestima, čak i bez čovjekova utjecaja, može nestati otopljeni kisik u vodi, što će prouzročiti masovno ugibanje organizama. Važno je što potpunije opisati takva kompleksna područja s multidisciplinarnim pristupom (kemija, fizika i biologija) kako bi se što bolje shvatilo njihovo funkcioniranje, uzroci ugroženosti i predložile što efikasnije mjere zaštite. Neke od mjera zaštita su nadziranje kakvoće morske vode, ali i slatke vode koja u tom području ima znatan utjecaj; uspostavljanje sustavnog praćenja kvalitete različitih staništa, naročito ako dio područja služi marikulturi; potrebno je regulirati ribolov te uspostaviti zaštićena područja na mjestima gdje stanište još nije degradirano.,